从80年代开始，由于经费短缺等原因，我国的一些自然保护区开始经营旅游项目。到了90年代，更多的保护区开始向公众开放。据1998年中国人和生物圈国家委员会对100个自然保护区的调查，有82个自然保护区已经开展了旅游经营，其中63％是从90年代开始的。除了政府对保护区的经费投入短缺外，旅游在保护区的广泛兴起主要由以下三方面因素促成：全球范围内对于保护区的保护思想已开始从一草一木都不能碰的封闭式保护转向保护与发展相结合的开放式保护；市场经济在中国已经开始溶入各行各业，保护区也不例外；我国国民经济的持续增长，人民生活水平的提高，使得旅游业迅速发展，保护区不可避免成为旅游热门地。随着政府对假日经济的启动，必将有大量的游客继续涌入保护区。对于自然保护区这样一个具有特殊使命和功能的地方，到底能否开展旅游，如何开展旅游，以及旅游将给保护区带来什么样的影响，这些问题在理论界、政策制定部门、以及实际管理部门中一直都是个较为敏感的话题。这个问题实际上涉及到保护区资源的非使用价值与旅游开发价值孰大孰小的问题，是可持续发展的概念在自然保护领域的具体应用。
笔者认为，正如可持续发展可根据对环境保护和经济发展两方面侧重程度的不同而分为强可持续发展、弱可持续发展一样，保护区是否能够开展旅游以及旅游开发的程度也不能一概而论，应视不同保护区采取不同的保护和开发策略。而我国目前的情况是，几乎所有的保护区都开始或准备开始经营旅游，这对自然资源的保护无疑会造成巨大威胁。造成这种情况的原因，经费短缺当然是一方面因素，但更主要的是由于我国保护区的分类体系中没有考虑保护与发展的平衡问题，而是将所有保护区都视为绝对保护类。将所有保护区视为严格保护类的初衷是为了更好地管理、保护其自然资源，但多年来国内外的保护实践证明，绝对的保护不仅不能达到保护目的，反而由于忽略了社区及当地经济的发展而造成保护与发展的矛盾激化，从而导致保护的失败。事实上，根据国际自然与自然资源保护联盟（IUCN）对保护区的分类，全球需要严格保护的保护地仅占全部保护地的16％，其余五类（国家公园、自然遗迹保护区、生境／物种保护区、陆地／海洋景观保护区、以及资源管理保护区）按照不同的管理目标可进行不同程度的资源利用。国际保护监测中心（WCMC）1997年对中国608个保护区的分类显示，我国保护区需要严格保护的仅占总数的7％，这意味着我国大多数保护区是可以在某些区域进行旅游活动的。当然，对于那些在生物多样性保护上具有重要意义的需要严格保护的保护区，应禁止一切旅游活动，其运行所需费用应由政府全额负担。实际上，分类问题解决好了，不但可以有效控制旅游的规模和程度，政府也可以根据分类有目标、有侧重地进行保护区的经费投入。
保护区旅游存在的另一问题是管理部门之间缺乏沟通及协调，出现一个保护区多块牌子的奇怪现象。如九寨沟国家级保护区同时还是国家级风景名胜区，新疆天池省级自然保护区又是国家级风景区，河北雾灵山国家级保护区同时也是省级森林公园等。我们知道，自然保护区与风景名胜区及森林公园对于旅游活动的控制范围、程度是不同的，如果一个地方多块牌子，旅游管理目标如何确定？
保护区旅游存在的另一问题是保护区自身参与旅游经营。保护区的主要职责是区内自然资源的保护及管理，保护区参与旅游经营会带来很多不利的后果，主要表现在两方面：第一，保护区既是管理者，又是经营者，就如同运动场上运动员和裁判员是同一方一样，由于缺乏有效制约机制，很容易造成旅游的过度开发，从而破坏环境；第二，排斥外来经营者的后果将造成保护区与地方政府及社区之间的矛盾，有违保护区开展旅游的初衷，从而影响保护区正常功能的发挥。国外国家公园生态旅游较成功的经验是，保护区的职责应限定在资源的保护和管理上，保护区自身不参与经营，但是通过发放旅游经营许可证来控制旅游的规模、程度、及范围。另外，保护区可以通过门票的形式收取一定的资源补偿费，用以补充保护区的日常运行费用。为了控制旅游开发的规模，政府应对保护区旅游的创收比例进行严格控制，如加拿大国家公园将旅游创收（主要指门票）额度控制在年预算的25％以内。
保护区开展旅游除了上述管理体制上的问题，在运行机制以及管理水平上也存在很多问题，如缺乏明确的保护区旅游收费政策及用于保护的经费反哺机制、缺乏社区参与旅游并从中受益的机制保障、缺乏科学研究的支持（如对旅游环境承载力的研究）、缺乏对旅游引起的环境变化的实时监测等等。保护区的生态旅游，如管理到位，应该成为环境保护与经济发展双赢的一个有效途径。而目前出现的一系列问题，其根本原因在于管理上的严重滞后，相关的法规、政策、条例、及标准等，都已远远落后于实际发展的需要。
如何掌握及平衡保护与发展的尺度，除了需要认真的科学研究，根本出路在于政府遵从可持续发展的思想从管理体制及机制上给予有效保证。尤其当涉及自然资源这类公共物品时，不能完全依靠市场经济，需要政府的有效干预。而我国目前又处于转型期，稍有不慎就会造成新的一轮生态毁坏。
